哥斯拉破坏日本多年，〈G对策总部〉发明黑洞炮对付。但实验出意外，引来古代巨大昆虫超翔龙重现，并攻击哥斯拉。日本成了哥斯拉、超翔龙及人类三方的战场。

接續前作“哥吉拉X機械哥吉拉”的故事，一年前與哥吉拉（Godzilla）的決戰，機龍（機械哥吉拉Mechagodzilla）受損程度37%，失去了右腕及終極武器-絕對零度炮。 維修組員中條義人在八王子

1999年，某个东西被卡车运出了馆山市。几天后，哥斯拉登陆了馆山，特生自卫队出动与之展开了苦战。在战斗中，自卫队员家城茜（釈由美子 饰）意外害死了战友叶山二尉（森末慎二 饰），自己却侥幸活了下来，并被

的场一佐(鹿贺丈史)等30名自卫队员, 因驻屯地事故而时间跳跃至战国时代1549年开始. 的场的原属下 - 鹿岛(江口洋介)与造成事故的神崎(铃木京香)为拯救的场一行, 也来到战国时代, 却发现的场想

一个月过去了，濑南伤愈归队，同时传出横须贺与碧订婚的消息，队里洋溢着欢乐的气氛。警铃突然响起，小松救难队出动。横须贺驾驶的飞机在雷达上消失了，UH直升机投入了搜救行动。川岛临危受命代替受伤的机长驾驶飞